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土壤微生物是世界上種類最多，且分布範圍最廣的生物。它們在自然界中扮演養分循環的角色，如土壤中存在的碳、氮、磷、硫與重金屬，均可經由微生物轉變成不同型態。目前在生物分類上根據核醣體DNA（ribosomal DNA）序列，可將所有的生物分為細菌界、古生菌界與真核生物界，微生物即普遍分佈於上述三界生物中。